وظايف شوراي‌عالي نظام پزشكي به شرح زير مي‌باشد:
الف- اجراي دقيق وظايف مقرر در ماده (3) اين قانون و نظارت مستمر بر حسن اجراي آنها از طريق رييس‌كل سازمان
ب- نظارت بر عملكرد نظام پزشكي شهرستانها.
ج- نظارت بر عملكرد صندوق تعاون و رفاه وابسته به سازمان نظام پزشكي.
د- رسيدگي به تخلفات انضباطي هيأت مديره نظام پزشكي شهرستانها ارجاعي از طرف شوراي هماهنگي استان و رفع اختلاف بين آنها.
ﻫ- تهيه و تصويب دستورالعملهاي اجرايي لازم در چارچوب اين قانون.
و- انحلال هيأت مديره نظام پزشكي شهرستانها و برگزاري انتخابات مجدد در چارچوب اين قانون.
ز- تصويب بودجه ساليانه سازمان نظام پزشكي جمهوري اسلامي ايران.