جمعی از روسای انجمن‌های علمی کشور در نامه‌ای به رییس مجلس و وزیر بهداشت، مخالفت خود را با تصویب "طرح تشکیل سازمان‌های طب اسلامی - ایرانی" و "نظام طب مکمل جمهوری اسلامی ایران" اعلام کردند.
اخیراً دو طرحی در مجلس شورای اسلامی توسط نمایندگان در دستور کار قرار گرفته است که در صورت تصویب، سازمان طب اسلامی - ایرانی و سازمان نظام طب مکمل جمهوری اسلامی ایران؛ تشکیل خواهند شد. بر این اساس، جمعی از روسای انجمن‌های علمی کشور در نامه‌ای به دکتر قالیباف رییس مجلس و دکتر عین اللهی وزیر بهداشت، ضمن اعلام مخالف نسبت به تشکیل این دو سازمان، دلایل خود را در مورد تبعات و مشکلات شکل‌گیری چنین سازمان‌هایی ذکر کردند و خواستار به کارگیری رویکرد علمی و «طب مبتنی بر شواهد» در تصمیم‌گیری‌های مرتبط با سلامت مردم شدند.
متن نامه انجمن‌های علمی به شرح زیر است:
جناب آقای دکتر محمدباقر قالیباف
رییس محترم مجلس شورای اسلامی
جناب آقای دکتر بهرام عین اللهی
وزیر محترم بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
با سلام و احترام. مطلع شدیم دو طرح با محتوایی نزدیک به هم در مجلس محترم شورای اسلامی اعلام وصول شده است (طرح تشکیل سازمان طب اسلامی ایرانی و طرح تشکیل سازمان نظام طب مکمل جمهوری اسلامی ایران). نظر به اهمیت بسیار زیاد موضوع، نکات زیر به استحضار می‌رسد:
مهم‌ترین موضوع در حوزه پزشکی، سلامت مردم است. بنابراین استناد به هر رویکردی که بیشتر به ارتقای سلامت مردم کمک کند و هم‌زمان از مضرات کمتری برخوردار باشد (هزینه-فایده‌ی بالاتر) در اولویت است. در جهان پزشکی، هم‌اکنون «طب مبتنی بر شواهد» رویکردی است مقبول و مورد اجماع؛ به این معنا که در هر زمان «بهترین شیوه‌های درمان» بر پایه‌ی آخرین مستندات در اولویت قرار می‌گیرند. انجمن‌های پزشکی در ایران، مانند سایر انجمن‌های معتبر علمی در جهان، هیچ مخالفتی با درمان‌های گیاهی یا هر درمان دیگری که بر مبنای رویکرد مذکور دارای اولویت برای ارائه به نیازمندان باشد ندارند. اما آن چه به جد نادرست و مورد مخالفت انجمن‌های علمی است، عمل‌کرد بسیاری از دست‌اندرکاران در ارائه، تبلیغ و ترویج نظریه‌ها یا شیوه‌های درمانی بدون در نظر داشتن شواهد علمی و اولویت عملی بر مبنای شواهد است؛ در این مورد جوامع علمی تفاوتی میان اعضای خود و سایرین قایل نیستند.
طرح تشکیل سازمان‌های جدید فوق که در دست بررسی مجلس محترم است، به طور خلاصه دارای مشکلات یا تبعات زیر است:
۱. جایگاه تولیتی وزارت بهداشت بر نظام سلامت (سیاست‌های کلی سلامت، ابلاغی مقام معظم رهبری، - ۱۳۹۳) در متن طرح‌های پیشنهادی در نظر گرفته نشده است و با قانون تشکیل وزارت بهداشت (مصوب ۹/۷/ ۱۳۶۴) ناهمخوان است.
۲. طب مکمل بخشی از طب و تابع اصول علمی آن است. ارزیابی محققان نشان می‌دهد که اجماع بر به کارگیری «طب مبتنی بر شواهد»، صاحب‌نظران طب سنتی در ایران را نیز دربر می‌گیرد. جدا کردن این بخش پزشکی از قوانین سازمان نظام پزشکی (مطابق متن طرح) هم با قوانین کشور و هم با اصول علمی مورد اجماع در ایران و جهان مغایرت دارد.
۳. دادن مجوز طبابت (تشخیص و درمان) به افراد غیرپزشک و بهادادن به تجربه‌ی غیرعلمی و غیرحرفه‌ای افراد اقدامی کاملاً غیراخلاقی، غیرحرفه‌ای و غیرمنطقی است. دوپاره کردن پزشکی به طب سنتی و طب نوین، مستمسکی جهت ایجاد جایگاه مداخله تشخیصی و درمانی برای افراد بدون صلاحیت شده است. شیوه‌های تشخیص و درمان، چه سنتی و چه نوین، باید تابع اصول علمی روز باشد و اثربخشی خود را با روش‌شناسی قابل قبول به اثبات رسانده باشد و تنها در این صورت است که می‌توان مسئولیت تأیید مداخلات تشخیصی و درمانی در حفظ سلامت مردم را پذیرفت.
امضاکنندگان این نامه به ارائه‌ی دو طرح مذکور به شدت معترض‌اند و تصویب آن را عامل انشقاق در مدیریت خدمات سلامت، به مخاطره افتادن سلامت مردم و هتک حیثیت نظام آبرومند سلامت جمهوری اسلامی ایران می‌دانند. آن‌ها امیدوارند روزی برسد که طرح‌های مرتبط با سلامت مردم، همواره پس از دریافت نظر جامعه علمی کشور ارائه شود.
امضاکنندگان این نامه عبارتند از:
۱. دکتر محمد اسلامی جویباری، رئیس انجمن علمی هماتولوژی و انکولوژی ایران
۲. دکتر طاهره اشرف گنجویی، رئیس انجمن علمی سرطان های زنان ایران
۳. دکتر سید محمد اکرمی، رئیس انجمن علمی ژنتیک پزشکی ایران
۴. دکتر زهرا امکان جو، رئیس انجمن علمی الکتروفیزیولوژی قلب ایران
۵. دکتر محمدرضا امینی فرد، رئیس انجمن علمی آسیب شناسی ایران
۶. دکتر سید محمدرضا بلورساز، رئیس انجمن علمی پزشکان عفونی کودکان ایران
۷. دکتر کامبیز بهاالدین بیگی، رئیس انجمن علمی انفورماتیک پزشکی ایران
۸. دکتر منصور بهرامی، رئیس انجمن علمی پزشکان کودکان ایران
.۹ دکتر علی اکبر پورفتح اله، رئیس انجمن علمی انتقال خون ایران
۱۰. دکتر علی تاجرنیا، رئیس جامعه دندان پزشکی ایران
۱۱. دکتر سامان توکلی، رئیس انجمن علمی روان درمانی ایران
۱۲. دکتر محمد جوان، دبیر انجمن علمی فیزیولوژی و فارماکولوژی ایران
۱۳. دکتر ناهید خداکرمی، رئیس انجمن علمی مامایی ایران
۱۴. دکتر ایرج خسرونیا، رئیس جامعه پزشکان متخصص داخلی ایران
۱۵. دکتر آرزو خسروی، دبیر انجمن علمی اکوکاردیوگرافی ایران
۱۶. دکتر مصطفی رضاییان، رئیس انجمن علمی انگل شناسی ایران
۱۷. دکتر کتایون رازجویان، دبیر انجمن علمی روان پزشکی کودک و نوجوان ایران
۱۸. دکتر علی اکبر رهبری منش، نایب رئیس و دبیر انجمن علمی پزشکان عفونی کودکان ایران
۱۹. دکتر بهزاد رهسپار، رئیس انجمن علمی جراحان دهان، فک و صورت ایران
۲۰. دکتر بابک زمانی، دبیر انجمن علمی بیماری های مغز و اعصاب ایران
۲۱. دکتر نیلوفر سمیعی، رئیس انجمن علمی اکوکاردیوگرافی ایران
۲۲. دکتر علی شریفی، رئیس انجمن علمی هیپنوتیزم بالینی ایران
۲۳. دکتر امیر شعبانی، دبیر انجمن علمی روان پزشکان ایران
۲۴. دکتر ربابه شیخ الاسلام، رئیس انجمن علمی غذا و تغذیه حامی سلامت ایران
۲۵. دکتر خسرو صادق نیت حقیقی، رئیس انجمن علمی طب کار ایران
۲۶. دکتر مجید صادقی، رئیس انجمن علمی روان پزشکان ایران
۲۷. دکتر کیهان صیادپور، دبیر انجمن علمی قلب کودکان ایران
۲۸. دکتر ایرج فاضل، رئیس جامعه جراحان ایران
۲۹. دکتر محمد فرهادی، رئیس انجمن علمی پزشکی خواب ایران
۳۰. دکتر مسعود قاسمی، دبیر انجمن علمی جراحان گوش، گلو، بینی و سر و گردن ایران
۳۱. دکتر میرفرهاد قلعه بندی، نایب رئیس انجمن علمی پزشکی خواب ایران
۳۲. دکتر مریم کاشانیان، نایب رئیس انجمن علمی متخصصین زنان و زایمان ایران
۳۳. دکتر علی کاظمیان، رئیس انجمن علمی سلامت دهان و دندانپزشکی اجتماعی ایران
۳۴. دکتر غلامرضا غزنوی، رئیس انجمن علمی پروستودونتیست های ایران
۳۵. دکتر محمد فرانوش، رئیس مرکز تحقیقات رشد و نمو کودکان دانشگاه علوم پزشکی ایران
۳۶. دکتر محسن اسدی لاری، رئیس مرکز تحقیقات آسیب شناسی و سرطان دانشگاه علوم پزشکی ایران
۳۷. دکتر سید عباس متولیان، رئیس پژوهشکده پیشگیری از آسیب های اجتماعی دانشگاه علوم پزشکی ایران
۳۸. دکتر جواد محمودی قرایی، رئیس انجمن علمی روان پزشکی کودک و نوجوان ایران
۳۹. دکتر یاشا مخدومی، رئیس انجمن علمی پرتودرمانی سرطان ایران
۴۰. دکتر رضا ملک زاده، رئیس انجمن علمی متخصصین گوارش و کبد ایران
۴۱. دکتر بابک معصومی، دبیر انجمن علمی طب اورژانس ایران
۴۲. دکتر مصطفی معین، رئیس انجمن علمی آسم و آلرژی ایران
۴۳. دکتر احمد مؤذن زاده، رئیس انجمن علمی فیزیوتراپی ایران
۴۴. دکتر اعظم السادات موسوی، رئیس انجمن علمی متخصصین زنان و زایمان ایران
۴۵. دکتر مسعود مهرپور، رئیس انجمن علمی سکته مغزی ایران
۴۶. دکتر علی پاشا میثمی، رئیس انجمن علمی پزشکی اجتماعی ایران
۴۷. دکتر مرتضی ناصربخت، رئیس مرکز تحقیقات بهداشت روان دانشگاه علوم پزشکی ایران
۴۸. دکتر علی اکبر نجاتی صفا، دبیر انجمن علمی پزشکی روان تنی ایران
۴۹. دکتر مرضیه نجومی، رئیس مرکز تحقیقات طب پیشگیری و سلامت جمعیت دانشگاه علوم پزشکی ایران
۵۰. دکتر پریدخت نخستین داوری، رئیس انجمن علمی قلب کودکان ایران
۵۱. دکتر بیژن نقیب زاده، رئیس انجمن علمی راینولوژی ایران
۵۲. دکتر نسیم نکویی شجاع، دبیر انجمن علمی روان درمانی ایران
۵۳. دکتر مجید وفائی، رئیس انجمن علمی رادیولوژی دهان، فک و صورت ایران
۵۴. دکتر فرهاد هنجنی، رئیس انجمن علمی پوست و آمیزشی ایران
۵۵. دکتر نکیسا هومن، رئیس انجمن علمی نفرولوژی کودکان ایران
۵۶. دکتر احمدعلی نوربالا تفتی، رئیس انجمن علمی پزشکی روان تنی ایران
۵۷. دکتر امیرهوشنگ باقری، دبیر انجمن علمی هیپنوتیزم بالینی ایران