دکتر جهانگیری معاون اول ریاست جمهوری بر نامه دکتر عباس آقازاده پی نوشت فرمودند :
جناب آقای دکتر نمکی
در شرایط فعلی کشور وزارت بهداشت و مجموعه مدیران آن و کادر درمان کشور در فشارهای کارهای سنگینی قرار دارند، همراهی مجموعه نهادهای پزشکی امر مهم و لازمی است، باید ارتباط مستمر با آنها برقرار و توضیحات لازمه ارائه شود؛ در این مورد هم اقدام لازم را بنمایید.
در تاریخ سوم مهرماه 1399 دکتر عباس آقازاده رئیس مجمع عمومی سازمان نظام پزشکی در نامه ای خطاب به دکتر جهانگیری معاونت محترم ریاست جمهوری با عنوان «چرا در عرضه واکسن آنفولانزا معما بروز کرده است؟» در خصوص روند توزیع واکسن آنفولانزا در کشور نقدهایی را مطرح کرده بود.
در نامه دکتر آقازاده با انتقاد از تخصیص واکسن آنفولانزا به نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی در روالی خارج از پروتکل های بهداشتی کشور آمده بود: سازمان نظام پزشکی چنانچه از قبل نیز اعلام کرده پزشکان، کارشناسان و کلیه فعالین عرصه سلامت مردم در بخش خصوصی را نیز از گروه های واجد اولویت در دریافت واکسن می داند.
در پاسخ به این نامه دفتر معاون اول ریاست جمهوری در نامه ای به تاریخ 20 مهرماه خطاب به وزیر بهداشت اطلاع دادند که دکتر جهانگیری معاون اول ریاست جمهوری بر این نامه پی نوشت فرمودند :
جناب آقای دکتر نمکی
در شرایط فعلی کشور وزارت بهداشت و مجموعه مدیران آن و کادر درمان کشور در فشارهای کارهای سنگینی قرار دارند، همراهی مجموعه نهادهای پزشکی امر مهم و لازمی است، باید ارتباط مستمر با آنها برقرار و توضیحات لازمه ارائه شود؛ در این مورد هم اقدام لازم را بنمایید.