در تابستان سال ١٣۶۵ ، دولت وقت لایحه‌ای درباره اهداف و اختیارات سازمان نظام پزشکی به مجلس ارائه کرد که به طور تلویحی حقوق صنفی جامعه پزشکی را تحت‌الشعاع مصالح اجتماعی قرار می‌داد. در این لایحه درباره تعرفه‌های پزشکی تنها به سازمان این اختیار داده شده بود که بر تعرفه‌های وضع شده نظارت کند. از سویی نیز موضوع حمایت سازمان از حقوق جامعه پزشکی به چند کلمه در انتهای بندهای متعدد لایحه و مواردی مانند ارتقا شعائر و حقوق بیماران تقلیل داده شده بود. آشکار بود که ارتباط مصالح سلامت کشور با مسائل صنفی پزشکان درک نمی‌شود. به وضوح مشخص بود که وظایف سازمان و جامعه پزشکی بر اختیارات آنها پیشی می‌گیرد. سازمان نظام پزشکی که تا آن زمان به‌عنوان سازمان صنفی پزشکان مورد احترام حکومت و جامعه قرار داشت، از این لایحه عدم استقلال جامعه پزشکی را برداشت می‌کرد و به آن معترض بود. در جلسه بررسی لایحه، «رهبری املشی» نماینده رودسر حتی به وجود کلمه استقلال نظام پزشکی معترض بود، اما «موحدی ساوجی» نماینده ساوه با او به مخالفت برخاست و صراحتا هشدار داد که اگر می‌خواهید سازمان را به دولت وابسته کنید با حذف این کلمه به مقصود خود نمی‌رسید. جو غالب ظاهرا به ضرر استقلال سازمان بود، اما حذف کلمه استقلال به تصویب نرسید. وزیر بهداشت وقت نیز گفت «ما با استقلال سازمان موافقیم ولی با خودمختاری آن مخالفیم.» هیچ توضیحی هم درباره تفاوت معنای «استقلال» و «خودمختاری» ارائه نداد. حالا سی‌وپنج سال است که مشکلات جامعه پزشکی همچنان به تعریف همین تفاوت‌ها وابسته شده است.
باید پذیرفت که نگرانی سازمان نظام پزشکی از دولتی شدن این سازمان و تاثیرات منفی آن بر سیستم سلامت کشور پر بیراه نبوده است. از سویی نیز در بحبوحه جنگ تحمیلی، دولت روش اداره متمرکز و کنترل هر چیز در دست خود را مطمئن‌تر می‌دانست. به‌خصوص در موضوع مهمی مثل سلامت. شاید همان موقع مسئولان دولت و وزارت بهداشت در خواب هم نمی‌دیدند که سی سال پس از پایان جنگ همچنان همان مقررات جنگی و اردوگاهی در سیستم سلامت کشور ساری و جاری باشد.
سازمان نظام پزشکی در آن زمان در جامعه‌ای با مختصات محدودتر و بدون تغییرات سیاسی و اجتماعی قابل توجه پدید آمده و بالیده بود و مثل دیگر اقشار کشور دچار فقر سیاسی مزمنی بود که تاریخ نشان داد از رویداد ها هم درس نمیگیرد و هر روز از این حیث فقیرتر می‌شود . سازمان، بدون در نظر گرفتن قوانین بین‌المللی اعتصاب پزشکان و بدون درس گرفتن از امساک تاریخی در صدور مجوز جهاد (و استفاده از حربه آن) اعلام اعتصاب کرد و تبعات این اعتصاب و نحوه برخورد با آن منعی دائمی شد برای پی گیری درخواست "قانون اعتصاب"از جانب پزشکان. و بدون توجه به این نکته که بدون قانون اعتصاب و بدون رعایت کدهایی که سلامت جامعه را به خطر نمی اندازد اعتصاب پزشکان امکان پذیر نمی‌باشد.
دولت که به دلیل شرایط جنگ خود را از نظر اخلاقی محق می‌دانست و بعلاوه این موقعیت را فرصتی مناسب برای پیش بردن برنامه‌ریزی متمرکز (که ایده آن زمان مسئولان بود) و گرفتن ژستی انقلابی- بخوان پوپولیستی- در مقابله با «این دکترها» در انظار عمومی می‌دید، به شدیدترین وجه ممکن واکنش نشان داد. واکنشی که پزشکان هم انتظار آن را نداشتند. دکتر حفیظی و بسیاری دیگر تبعید شدند. کادر وزارت بهداشت و سازمان نظام پزشکی تغییرات زیادی کردند و تاثیراتی عمیق به شکل بروز تابوهایی ناگفتنی بر جای گذاشته شد. اکثر اعضای جامعه پزشکی تا همان زمان هم در میانه بحران‌های متاثر از شرایط انقلاب و جنگ، مردم را تنها نگذاشته بودند، با میل و رضای خود طبق برنامه‌ای تنظیمی بطور مرتب و بدون دریافت وجهی در جبهه‌های جنگ حضور پیدامیکردند. حتی رئیس تبعیدی سازمان، دکتر حفیظی نیز فرزند بزرگ خود را در راه دفاع از میهن در آب‌های خلیج فارس از دست داده بود.گرچه برخی پزشکان منافع اقتصادی را هم دنبال می‌کردند اما اساتید بزرگی مثل دکتر حفیظی و بسیاری دیگر تنها و تنها دغدغه‌شان خطرات عدم استقلال جامعه پزشکی برای سیستم سلامت کشور بود. گویی آنچه را در سال‌های بعد رخ داد، در خشت خام می‌دیدند.
گرچه نمی‌توان درباره واقعه‌‌ای تاریخی مانند ماجرای نظام پزشکی تابستان ١٣۶۵ به سادگی قضاوت کرد و در له یا علیه یکی از طرفین حکمی صادر نمود اما آنچه بدیهی به نظر می‌رسد این نکته است که بدون واکاوی این واقعه و یک "نقطه سر خط"بزرگ و بدون نگاهی به گذشته به عنوان چراغ راه آینده، تغییرات در سازمان و هیئت‌مدیره آن در دوره‌های مختلف راه به جایی نخواهند برد.