در تابستان سال ١٣۶۵ در چنین روزهایی، دولت وقت لایحه‌ای درباره اهداف و اختیارات سازمان نظام پزشکی به مجلس ارائه کرد که به‌طور تلویحی حقوق صنفی جامعه پزشکی را تحت‌الشعاع مصالح اجتماعی قرار می‌داد. در این لایحه درباره تعرفه‌های پزشکی تنها به سازمان این اختیار داده شده بود که بر تعرفه‌های وضع‌شده نظارت کند. از سویی نیز موضوع حمایت سازمان از حقوق جامعه پزشکی به چند کلمه در انتهای بندهای متعدد لایحه و مواردی مانند ارتقای شعائر و حقوق بیماران تقلیل داده شده بود. آشکار بود که ارتباط مصالح سلامت کشور با مسائل صنفی پزشکان درک نمی‌شود. به‌وضوح مشخص بود که وظایف سازمان و جامعه پزشکی بر اختیارات آنها پیشی می‌گیرد. سازمان نظام پزشکی که تا آن زمان به‌عنوان سازمان صنفی پزشکان مورد احترام حکومت و جامعه قرار داشت، از این لایحه عدم استقلال جامعه پزشکی را برداشت می‌کرد و به آن معترض بود. در جلسه‌ بررسی لایحه، «رهبری‌املشی» نماینده رودسر حتی به وجود کلمه استقلال نظام پزشکی معترض بود، اما «موحدی‌ساوجی» نماینده ساوه با او به مخالفت برخاست و صراحتا هشدار داد که اگر می‌خواهید سازمان را به دولت وابسته کنید با حذف این کلمه به مقصود خود نمی‌رسید. جو غالب ظاهرا به ضرر استقلال سازمان بود، اما حذف کلمه استقلال به تصویب نرسید. وزیر بهداشت وقت نیز گفت «ما با استقلال سازمان موافقیم ولی با خودمختاری آن مخالفیم». هیچ توضیحی هم درباره تفاوت معنای «استقلال» و «خودمختاری» ارائه نداد. حالا 35 سال است که مشکلات جامعه پزشکی همچنان به تعریف همین تفاوت‌ها وابسته شده است.
باید پذیرفت که نگرانی سازمان نظام پزشکی از دولتی‌شدن این سازمان و تأثیرات منفی آن بر سیستم سلامت کشور پربیراه نبوده است. از سویی نیز در بحبوحه جنگ تحمیلی، دولت روش اداره متمرکز و کنترل هر چیز در دست خود را مطمئن‌تر می‌دانست، به‌‌ویژه در موضوع مهمی مثل سلامت. شاید همان موقع مسئولان دولت و وزارت بهداشت در خواب هم نمی‌دیدند که 
30 سال پس از پایان جنگ همچنان همان مقررات جنگی و اردوگاهی در سیستم سلامت کشور ساری و جاری باشد.
سازمان نظام پزشکی در آن زمان در جامعه‌ای با مختصات محدودتر و بدون تغییرات سیاسی و اجتماعی قابل توجه پدید آمده و بالیده بود و مثل دیگر اقشار کشور دچار فقر سیاسی مزمنی بود که تاریخ نشان داد از رویداد‌ها هم درس نمی‌گیرد و هر روز از این حیث فقیرتر می‌شود. سازمان، بدون درنظرگرفتن قوانین بین‌المللی اعتصاب پزشکان اعلام اعتصاب کرد و تبعات این اعتصاب و نحوه برخورد با آن منعی دائمی شد برای پیگیری درخواست «قانون اعتصاب» از جانب پزشکان. و بدون توجه به این نکته که بدون قانون اعتصاب و بدون رعایت کدهایی که سلامت جامعه را به خطر نمی‌اندازد، اعتصاب پزشکان امکان‌پذیر نیست. دولت که به‌دلیل شرایط جنگ خود را از نظر اخلاقی محق می‌دانست و به‌علاوه این موقعیت را فرصتی مناسب برای پیش‌بردن برنامه‌ریزی متمرکز (که ایده آن زمان مسئولان بود) و گرفتن ژستی پوپولیستی در مقابله با «این دکترها» در انظار عمومی می‌دید، به شدیدترین وجه ممکن واکنش نشان داد؛ واکنشی که پزشکان هم انتظار آن را نداشتند. دکتر حفیظی و بسیاری دیگر تبعید شدند. کادر وزارت بهداشت و سازمان نظام پزشکی تغییرات زیادی کردند و تأثیراتی عمیق به شکل بروز تابوهایی ناگفتنی بر جای گذاشته شد. اکثر اعضای جامعه پزشکی تا همان زمان هم در میانه بحران‌های متأثر از شرایط انقلاب و جنگ، مردم را تنها نگذاشته بودند، با میل و رضای خود طبق برنامه‌ای تنظیمی به‌طور مرتب و بدون دریافت وجهی در جبهه‌های جنگ حضور پیدا می‌کردند. حتی رئیس تبعیدی سازمان، دکتر حفیظی نیز فرزند بزرگ خود را در راه دفاع از میهن در آب‌های خلیج فارس از دست داده بود. گرچه برخی پزشکان منافع اقتصادی را هم دنبال می‌کردند اما استادان بزرگی مثل دکتر حفیظی و بسیاری دیگر تنها و تنها دغدغه‌شان خطرات عدم استقلال جامعه پزشکی برای سیستم سلامت کشور بود. گویی آنچه را در سال‌های بعد رخ داد، در خشت خام می‌دیدند. گرچه نمی‌توان درباره واقعه‌‌ای تاریخی مانند ماجرای نظام پزشکی تابستان ١٣۶۵ به‌سادگی قضاوت کرد و در له یا علیه یکی از طرفین حکمی صادر کرد، اما آنچه بدیهی به نظر می‌رسد این نکته است که بدون واکاوی این واقعه و یک «نقطه سر خط» بزرگ و بدون نگاهی به گذشته به‌عنوان چراغ راه آینده، تغییرات در سازمان و هیئت‌مدیره آن در دوره‌های مختلف راه به جایی نخواهند برد.